Фокс Малдер родился 13 октября 1961 года в семье американцев голландского происхождения Билла и Тины Малдер (девичья фамилия Куйперс), вероятно, в Массачусетсе. У него есть младшая сестра Саманта Малдер, родившаяся 22 января 1964 года (её имя, очевидно, связано с Самантой Фокс). Малдеры жили в Чилмарке, Вайн-стрит, 2790.
В возрасте 11 месяцев произнёс своё первое слово, это было слово JFK (аббревиатура имени Джон Фицджеральд Кеннеди). Вырос в Чилмарке, штат Массачусетс. В детстве был активным ребёнком, много играл в бейсбол и лазал по деревьям. Однажды на дереве столкнулся нос к носу с богомолом, что его сильно напугало и породило стойкую неприязнь к насекомым. Интересовался фантастикой, в детстве переодевался Мистером Споком из «Звёздного пути». Будучи подростком, смотрел сериал «Волшебник». Также Малдер был очарован космосом. Несмотря на то, что он говорил, что никогда не хотел стать астронавтом, он был очень рад во время одного из своих расследований познакомиться с одним из экс-астронавтов и понаблюдать из центра управления за запуском шаттла.
27 ноября 1973 года его сестра Саманта таинственно исчезла из дома Малдеров в Чилмарке. Это событие стало тяжёлым ударом для всей семьи, особенно для Фокса. Расследование исчезновения не дало никаких результатов. Вскоре родители Малдера развелись.
Воспоминания Малдера об этом событии весьма расплывчаты и недостоверны. В пилотном эпизоде Малдер рассказывает Скалли, что «однажды ночью она просто исчезла из своей кровати». В эпизоде «Маленькие зелёные человечки» показан сон (или воспоминания) Малдера, где он и Саманта играют в настольную игру и смотрят телевизор, пока их родители гостят у соседей. Внезапно комнату заливает яркий свет и застывший в шоке Фокс наблюдает, как Саманта поднимается в воздух и выплывает в окно, к неясным фигурам, очертания которых скрывает яркий свет.
Развёрнутые воспоминания об этом событии были раскрыты в состоянии регрессивного гипноза, под руководством терапевта доктора Хайца Вербера в 1989 году (эпизод «Закрытие»). В эпизодах «Пациент X» и «Красное и чёрное» Малдер сомневается в достоверности своих воспоминаний, подозревая, что всё это было не более чем спектаклем.
Главную роль в новом сезоне «Мосгаза», получившем подзаголовок «Дело №10: Метроном», сыграл Игорь Золотовицкий. Актер воплотил образ всесильного московского чиновника из начала 80-х, связанного с криминальным миром. О роли, партнерах и собственных воспоминаниях 40-летней давности артист рассказал «ВокругТВ».
