Прошло много лет после событий первого фильма. «9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу. Похищена маленькая девочка и вскоре становится известно о случаях убийства гиноидами своих владельцев, самоуничтожающимися после этого. Но перед уничтожением дух одного из таких роботов попросил о помощи.

Призрак в доспехах: Невинность (яп. イノセンス) — аниме-фильм 2004 года, сиквел фильма «Ghost in the Shell». Фильм выпущен в прокат в Японии 6 марта 2004 года, в США 17 сентября того же года. Бюджет фильма составил около 1 миллиарда иен, из-за чего президент Production I.G Исикава Митсухиса попросил Тосио Сузуки, президента Studio Ghibli, стать со-продюсером проекта. Режиссёром и сценаристом фильма стал Мамору Осии, сюжет тесно связан с мангой Масамунэ Сиро. Фильм создан студией Production I.G, которая так же произвела оригинальный фильм и спин-офф телесериал «Ghost in the Shell: Stand Alone Complex».

Для того чтобы фильм лучше продавался за пределами Японии, к оригинальному названию «Невинность» была добавлена приписка-подзаголовок «Ghost in Shell 2».

Наряду с фильмом, была опубликована книга «Ghost in the Shell 2: Innocence: After the Long Goodbye», которая должна была послужить приквелом к «Невинности».